Родился 13 сентября 1917 года в деревне Пушлахта ныне При-морского района Архангельской области в семье рабочего. Образование 9 классов. В ВМФ с 1938 года. С 1941 года на фронте. Воевал на Северном флоте в составе легендарного разведотряда В.Н. Леонова. Особо отличился в ходе Петсамо-Киркенесской операции. В ночь на 12 октября 1944 года в боях при освобождении населённого пункта Лиинахамари, на подступах к городу Петсамо (ныне посёлок городского типа Печенга Мурманской области), командир отделения 181-го особого разведотряда Северного флота старшина 1-й статьи Агафонов С. М., вместе с отрядом, участвовал в стремительной атаке батареи противника на мысе Крестовом. Выписка из наградного листа: «За этот период АГАФОНОВ провел до 50 боевых походов в тыл противника с целью разведки, разгрома опорных пунктов, баз и батарей противника. Отвагу и мужество проявил АГАФОНОВ в апрельской операции 1942 года, при действии отряда в районе Титовка. Высадившись в воду, на территории врага, под сильным огнем противника Агафонов, командуя отделением увлек товарищей за собой и, заняв господствующую высоту, отражал численно превосходящего противника. Не один десяток гитлеровцев был уничтожен отделением Агафонова. Мужественным действием АГАФОНОВА было обеспечено выполнение задачи всем отрядом. Героический подвиг совершил Агафонов 18 сентября 1942 г. при уничтожении опорного пункта немцев на мысе Могильный. Отряд попал в окружение. Агафонов один, с криком "УРА", ринулся на две огневых точки врага. Уничтожил 4-х немцев и захватил два пулемета. Был ранен, но продолжал вести бой с противником. Этим храбрым поступком Агафонов обеспечил выход отряда из окружения. Немало подобного мужества Агафонов проявил в разведывательных операциях на побережье северной Норвегии в зиму 1943-44 годов. Он особенно отличился в операции на м. Скалмес по разгрому автоколонны штаба зенитного полка немцев. Нападая один из первых, он убил водителя головной машины и застопорил движение всей колонны. Расстреливая в упор из автомата и действуя гранатами, было уничтожено 15 немцев, 6 автомашин, зенитная пушка и имущество полка. 6 немцев с документами были взяты в плен. В боях за освобождение Петсамо и по захвату порта Лиинахамари, Агафонов участвовал с отрядом по захвату и уничтожению зенитной батареи и батареи береговой обороны (1У-155 м/м) на м. Крестовый. Агафонов со своим отделением первый захватил орудие противника. Уничтожив орудийный расчет немцев, он использовал это орудие для стрельбы по порту Лиинахамари. После захвата батареи, Агафонов, под сильным артиллерийским и пулеметным огнем противника, установил связь с взаимодействующим отрядом капитана Барченко и вместе с последним отражал атаки высадившейся десантной группы немцев. Обе батарей противника были уничтожены. Смелыми и решительными действиями отряда, особенно отделения Агафонова при штурме батареи на м. Крестовый была создана возможность прорыва наших катеров с десантом в Петсамо и захвата порта Лиинахамари». Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года старшине 1-й статьи Агафонову Семёну Михайловичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 5066).
Перед войной с империалистической Японией летом 1945 года С.М. Агафонов в составе отряда разведчиков под командованием Героя Советского Союза В.Н. Леонова прибыл во Владивосток. Морские разведчики готовились к боям на острове Русский. В период советско-японской войны в августе 1945 года он воевал в 140-м отдельном разведотряде особого назначения Тихоокеанского флота, с началом военных действий против Японии, высаживался с десантами в порты Юки (Унги), Расин (Наджин), Сейсин (Чхонджин). Дерзкие и умелые действия отряда способствовали захвату этих портов. В 1948 году С. М. Агафонов демобилизован. Жил в Крыму – в городе Евпатории. Работал на заводе. Скончался 1 января 1977 года. НАГРАДЫ: Медаль «Золотая Звезда» Героя Советского Союза, Орден Ленина, Три ордена Красного Знамени, Два ордена Отечественной войны II степени, Медали.